Penyelenggaraan pendidikan di STFT Fajar Timur bermuara pada subjek yang paling penting, yaitu mahasiswa. Mereka adalah pelaku utama proses pendidikan dan pembinaan. Perekrutan mahasiswa dilakukan oleh lima keuskupan dan ordo karena yang bersekolah di sini sudah lebih dahulu diterima dan dibina di ordo (novisiat) dan keuskupan  (tahun rohani). Untuk pengembangan kemahasiswaan dibentuk Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) sebagai tempat pengembangan organisasi dan kreativitas mahasiswa sekaligus forum bagi mahasiswa untuk mengambil sikap bersama dalam seluruh proses. Demi pengembangan diri itu pelbagai kegiatan dilakukan yang tertuang dalam program unit kegiatan, seperti liturgi, penelitian dan KKRS, acara dan protokoler, kesenian, olah raga, dokumentasi, media dan publikasi (majalah Fajar Timur), Usaha dana, kesejahteraan.
Pengurus BEM dipilih oleh mahasiswa, yang secara bergilir dipercayakan pada mahasiswa tingkat III.