Penyelenggaraan pendidikan di STFT Fajar Timur bermuara pada
subjek yang paling penting, yaitu mahasiswa. Mereka adalah pelaku utama proses
pendidikan dan pembinaan. Perekrutan mahasiswa dilakukan oleh lima keuskupan
dan ordo karena yang bersekolah di sini sudah lebih dahulu diterima dan dibina
di ordo (novisiat) dan keuskupan (tahun
rohani). Untuk pengembangan kemahasiswaan dibentuk Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) sebagai tempat pengembangan organisasi
dan kreativitas mahasiswa sekaligus forum bagi mahasiswa untuk mengambil sikap
bersama dalam seluruh proses. Demi pengembangan diri itu pelbagai kegiatan
dilakukan yang tertuang dalam program unit kegiatan, seperti liturgi, penelitian
dan KKRS, acara dan protokoler, kesenian, olah raga, dokumentasi, media dan
publikasi (majalah Fajar Timur), Usaha dana, kesejahteraan.
Pengurus BEM dipilih oleh mahasiswa, yang secara bergilir dipercayakan pada
mahasiswa tingkat III.