Perpustakan STFT Fajar Timur juga menyajikan koleksi khusus dengan nama Kursi van Nunnen yang diabdikan untuk jasa baik dari P. Alfonso van Nunnen OFM, Antropolog yang berjasa bagi pengembangan studi Antropologi dan Perpustakaan STFT. Adapun koleksi khusus ini berisikan buku-buku, arsip, manuskrip, majalah-majalah, dan foto-foto tentang Papua. Sebagian besar dari koleksi tersebut merupakan sumbangan dari P. Van Nunnen. Beberapa buku dan dokumen berumur lebih dari 100 tahun. Dokumen tertulis pada umumnya berbahasa Belanda dan sebagian lainnya berbahasa Inggris, Jerman, Pidgin (PNG), dan Indonesia. Terdapat lebih dari 1500 sumber asli yang menjadi koleksi khusus ini.