Program Pasca Sarjana (Intern Gereja)

Program Pasca sarjana dimulai pada tahun 1984, berupa Kursus Lanjutan setelah mahasiswa menyelesaikan masa praktek pastoral. Pada mulanya program ini merupakan penyesuaian bagi para petugas pastoral yang mengikuti program lama, Sarjana Muda (BA) ke Sarjana Strata 1 (Drs). Selanjutnya program ini menjadi program Pasca Sarjana (S-2 Intern Gerejawi) untuk persiapan menjadi imam. Peserta program ini adalah tamatan S-1 program studi Ilmu Teologi dan telah menjalankan Tahun Orientasi Pastoral (TOP).

Dengan terselenggaranya program ini, mereka yang terpanggil menjadi imam tidak perlu lagi melanjutkan studi ke tempat lain seperti ke Pineleng – Manado, Kentungan – Yogyakarta, atau Parahyangan – Bandung, yang dilakukan oleh angkatan sebelumnya. Lulusan program ini bisa ditahbiskan menjadi imam. Imam pertama yang secara lengkap merampungkan studi di STFT Fajar Timur adalah Mgr. John Philips Saklil, Pr yang sekarang menjadi uskup pertama Keuskupan Timika.

Kurikulum Pasca Sarjana sejak tahun 1984 sampai sekarang telah mengalami beberapa kali revisi; yakni pada tahun 1989-1990, 1999-2000, 2005-2006 dan 2010. Revisi selalu diselenggarakan melalui lokakarya oleh panitia yang dibentuk pimpinan STFT.