Di lantai 2 terdapat Biro Penelitian. Biro Penelitian STFT Fajar Timur mengatur penelitian dosen dan mahasiswa di STFT. Tiap tahun mahasiswa mengadakan Stase penelitian di 5 keuskupan untuk tema kegerejaan, antropologi, sosiologi, budaya, dan agama, baik tema yang ditentukan STFT maupun tema yang ditawarkan oleh keuskupan.

Para dosen juga ditawarkan penelitian sesuai dengan bidangnya, baik penelitian lapangan maupun penelitian pustaka. Penelitian ini akan diseminarkan dalam seminar dosen atau diterbitkan dalam jurnal Limen. Biro penelitian  mengelola jurnal Limen. Jurnal ini dirancang oleh Pastor  Al Rusmadji OFM tahun 2005 memilih limen (ambang batas) merujuk pada saat-saat peralihan dalam perjalanan manusia. Limen secara khusus menawarkan artikel ilmiah di bidang Agama dan Kebudayaan dan terbit dua kali setahun pada bulan Oktober dan April. Dengan ini Anda diajak untuk berdiri di ambang melintasi batas, serta memasuki tahap-tahap baru kehidupan dan mendapatkan kecerahan.  Anda juga diajak untuk berefleksi menghantar pembaca pada ambang batas dengan menulis artikel ilmiah.

Selain  dibukukan dalam jurnal, penelitian juga dipakai untuk menghidupkan diskusi ilmiah para dosen dan mahasiswa, atau kadang kala diskusi terbuka dengan masyarakat luas. Hasil penelitian di STFT tidak dibukukan dalam file Dikti. Walaupun demikian, sebenarnya hasil penelitian sekolah sudah banyak karena penelitian tidak hanya hasil dari skripsi, tetapi dari penelitian mahasiswa tiap tahun, penelitian pasca sarjana dan penelitian dosen. Penelitian itu masih merupakan konsumsi sekolah.

 Dengan pesta emas ini STFT akan semakin terbuka dan hal itu menantang STFT atau biro penelitian untuk bekerja sama dengan stakeholder yang lebih luas seperti pemerintah dan litbang lainnya. Hal itu dapat mendorong peningkatan biro penelitian untuk menambah divisi pengkajian sehingga STFT akan lebih banyak menawarkan kajian akademis bagi Gereja dan masyarakat setempat.